Para empezar tu aventura Pokémon, deberás elegir entre uno de los tres nuevos Pokémon iniciales de esta edición, Treecko, Torchic y Mudkip, que te entregará un nuevo Profesor Pokémon, el Profesor Abedul. Treecko es un Pokémon de tipo planta, Torchic de tipo fuego y Mudkip de tipo Agua.

En esta tercera generación, los personajes principales del juego son Bruno y Aura. Bruno es el chico y Aura la chica. Ambos tiene un look muy deportivo, y es que lo necesitarán, pues en Hoenn deberás desplazarte con bambas deportivas y dos bicis, algo completamente nuevo en el mundo Pokémon.

Una gran novedad respecto a todas las ediciones anteriores es que los Pokémon tienen habilidades únicas y personalidad diferentes. Esto afectará a su forma de crecimiento y en los combates Pokémon. Por poner unos ejemplos, si un Pikachu antes era golpeado, no le ocurría nada al Pokémon rival. Ahora, gracias a las habilidades, si un Pokémon golpea a un Pokémon eléctrico con un ataque físico podrá quedar paralizado.

En cuanto a la personalidad de tu Pokémon, cada Pokémon que captures será diferente, pues esto afectará a sus estadísticas. Puedes capturar muchos Taillow y es muy probable que ninguno de ellos tenga la misma personalidad.

En Pokémon Rubí y Zafiro existe un nuevo tipo de combates. Los combates dobles, en la que dos Pokémon podrán ser usados en cada turno. Esto es completamente nuevo y requiere pensar antes de lugar. Por ejemplo, si uno de los Pokémon usa el ataque Terremoto, dañará a los oponentes, pero también podrás dañar a tu otro Pokémon del equipo por el hecho de encontrarse en también en combate.

Otra gran novedad en Pokémon Rubí y Zafiro es la aparición de los llamados Concursos Pokémon. En los concursos Pokémon no deberás combatir de la misma forma que lo hacías con otros entrenadores. Deberás encadenar movimientos para generar una combinación lo suficientemente buena para derrotar a tus rivales y obtener más puntos que los demás rivales. Existen 4 tipos diferentes de concursos.

Pero no todo serán facilidades en Hoenn, pues existen dos equipos dispuestos ha complicar tu aventura. Se trata de los equipos Magma y Aqua. El Equipo Magma es un equipo que pretende ganar terreno frente al mar porque aman los Pokémon terrestres. Por ello, quieren despertar a Groudon, un Pokémon legendario capaz de secar el agua del mar, y ponerlo bajo su disposición. El Equipo Aqua, no es muy diferente, pues lo que buscan es ganar más espacios marinos, por lo que buscan el control de Kyogre, un Pokémon legendario capaz de inundar zonas muy secas.